Trải dài giữa sông Niger ở phía bắc và Eo Benin ở phía nam, cao độ của Bénin hầu như bằng nhau trên toàn đất nước. Đa phần dân số sống tại những đồng bằng ven biển phía nam, nơi có những thành phố lớn nhất nước, gồm Porto Novo và Cotonou. phía bắc đất nước đa phần gồm đồng cỏ và cao nguyên bán khô cằn.

Khí hậu Bénin nóng và ẩm với lượng mưa khá nhỏ so với các nước Tây Phi khác, dù có hai mùa mưa (tháng 4, tháng 6 và tháng 9 tháng 11). Trong mùa đông gió bụi harmattan có thể khiến trời đêm lạnh hơn.

Thành phố lớn nhất và là thủ đô là Cotonou. Cái tên Cotonou xuất phát từ câu ku tɔ nu (tại hồ thần chết) trong tiếng Fon, là phá ở bên cạnh. Đây là một minh chứng cho niềm tin rằng các ngôi sao rơi xuống tượng trưng cho những linh hồn người chết ở thế giới bên kia. Chuyện kể rằng khi Cotonou được thành lập, ánh sáng của các làng ven hồ Ganvié suốt dọc phá chiếu ánh lung linh trên mặt nước, cho thấy những ngôi sao rơi bên dưới. Ganvié là một làng chài gồm những nhà sàn ven hồ ở bờ phía tây phá.

Thị trấn Ouidah là thủ đô tín ngưỡng của vodun, được dân bản địa gọi là glexwe. Đây từng là một cảng nô lệ lớn thời Bồ Đào Nha. Thị trấn Abomey là thủ đô cũ của Vương quốc Dahomey, và các vị vua Fon luôn sống ở đó.

Tại tỉnh Atakora, các khu định cư Betamaribe bên cạnh biên giới Togolese được gọi là tata somba (nhà Somba); chúng nổi tiếng vì các pháo đài, với các ngôi nhà bên trong và những người dân ngủ trong các túp lều giữa các kho thóc trên mái.